由科技部基础研究管理中心组织的2009年度中国基础研究十大科技进展揭晓。
这十大基础研究进展分别是：北京正负电子对撞机重大改造工程通过国家验收；查明中国陆地生态系统的碳平衡状况；揭示A1型短指症致病机理；发现β-抑制因子-2复合体信号缺损可导致胰岛素耐受；实验证实诱导性多能干细胞具有发育全能性；发现金属钠在高压条件下可转化为透明绝缘体；阐明纳米孪晶纯铜极值强度的形成机制；高温铜氧化物超导体物性和超导机理研究取得重要进展；鉴别出与超级杂交水稻杂种优势相关的潜在功能基因；找到鸟类起源的一些关键证据。 
据介绍，本次评选活动的新闻来源由《科技导报》、《中国科学基金》、《中国科学院院刊》和《中国基础科学》共同推荐。通过初评，从184项推荐新闻中遴选出30项候选新闻。随后以问卷形式将候选新闻送中国科学院院士、中国工程院院士、“973”计划顾问组和咨询组专家、“973”计划项目首席科学家、国家重点实验室主任等专家进行无记名投票获得结果。 
本次入选项目呈现出两个主要特点。 
首先，我国具有传统优势的学科领域显示出持续创新能力。如我国在古生物学研究方面有独特的学术资源和地域优势，已形成较为完整的研究体系，在诸多领域已经与国际同步。我国科学家发现的澄江、瓮安动物化石群，引起了全球古生物学界的轰动。2009年，我国又在鸟类起源方面取得了重大突破，发现了一些关键证据，为研究恐龙向鸟类进化过程中有关手指进化问题提供了有力证据，产生了重大的国际影响。
在材料科学研究领域，物理学家对纳米孪晶纯铜极值强度形成机制的阐释、高温铜氧化物超导体物性和超导机理研究均有良好发挥。在高温超导研究领域，有关铁基超导的重要成果不仅入选中国基础研究十大进展，且入选了《科学》杂志评出的2008年十大科技进展，引起国际同行的广泛关注。今年又有一项高温铜氧化物超导研究的成果入选，表明我国在高温超导方面经过长期的积累沉淀，具有了扎实的基础和雄厚的潜力。
其次，群体性突破不断涌现。科技部基础研究司司长张先恩说，医学一直是我国的薄弱领域，但近年来呈现出快速发展的态势，具有国际影响的重大成果不断涌现。2009年，有3项医学领域的成果入选基础研究十大进展，表明我国医学领域在多年积累的基础上，已经出现群体性突破的势头。这样的势头往往孕育着重大的革命性突破。 
如由中科院动物研究所周琪研究小组和上海交通大学医学院曾凡一小组合作开展的诱导性多能干细胞，也被称为iPS细胞的全能性验证研究，一直困扰着生命科学向纵深推进。两个研究小组合作，在实验中通过对iPS细胞的培养基以及iPS克隆挑取时间等因素的优化，提高了iPS细胞的获得效率及iPS克隆的质量，制备出37株iPS细胞系，并利用其中株iPS细胞系注射了1500多个四倍体囊胚后，其中3株iPS细胞系获得了共计27只成活小鼠。经多种分子生物学技术鉴定，这些小鼠确实是由iPS细胞发育而成。目前，这些小鼠现已发育成熟并繁殖了后代。此项研究首次证实，iPS细胞具有与胚胎干细胞相同的全能性。相关研究发表在2009年9月3日《自然》杂志上。 
此外，关于全球性热点、焦点问题的研究，我国科学家也取得了世界瞩目成绩。在全球气候变化研究中，2006年关于成熟森林土壤可持续积累有机碳的成果入选了基础研究十大进展，2007年有关碳汇的研究成果入选，2008年通过氧同位素研究东亚季风变化的成果入选，2009年又有中国陆地生态系统的碳平衡状况的研究成果入选。这些研究不断深入，为我国应对全球变化，解决制约我国经济社会发展的环境问题提供了理论基础。